Borelioza wywoływana jest przez bakterie (krętki), dlatego leczy się ja antybiotykami. Wcześnie podjęta terapia daje znacznie większe szanse na wyleczenie. Długość leczenia oraz wybór antybiotyku uzależnione są od fazy choroby i jej rozprzestrzenienia się w organizmie. 

We wczesnej fazie lekarz może zlecić stosowanie doksycykliny lub amoksycyliny. Przy nietolerancji tych antybiotyków, można podjąć alternatywne leczenie za pomocą cefuroksymu. W przypadku neuroboreliozy u dorosłych pacjentów podaje się ceftriakson lub penicylinę krystaliczną. Zwykle leczenie antybiotykami nie trwa dłużej niż 28-30 dni. O dawkach leków i długości leczenia zawsze decyduje lekarz